早在朱由校亲率大军剿灭准格尔部落后，明朝就已经开始管理天山南麓，并沿着额尔齐斯河屯田设卫。在这些军事据点的保护下，中国、沙俄、波斯、印度的商人纷至沓来，将中原的货物运到内陆深处，古老的丝绸之路再次繁忙起来。
与商人看重利益不同，朝廷更在乎的是如何将中华文化圈辐射到沿途各国，并在西域维持大规模的军事力量，为将来的扩张积蓄实力。为此明朝先是把原来的陕西布政使司拆分为甘肃、陕西、宁夏，加上新纳入的青海、内蒙、南疆，统一归总部设在兰州的西部战区管辖，有目的性的将中央的触角逐步深到青藏高原和西域腹地。
纵观汉唐时期设置的西域都护府、安西都护府、北庭都护府，朱由校发现这条丝绸之路的主要威胁来自蒙古和吐蕃这两大游牧民族的骑兵。眼下明朝和蒙古草原有《卫拉特法典》和民族联盟，汉蒙之间对于互通有无、共同抵御外族入侵已经达成一致，那么唯一的隐患就剩下吐蕃。
面对明朝在青海、吐鲁番、南疆一带频繁的人口迁徙和军事调动，拉萨的藏巴汗已经感受到了悬在头顶的那把利剑的威胁。先前朝廷已经收回了乌斯藏都司、朵甘都司的军事指挥权，并在林芝派驻了一个建设兵团。在具体的管理中，也增加了内地流官的比例。如今皇帝进一步取消了朵甘都司，由青海、四川、云南分别管辖，同时在灵藏、馆觉一代修建军事堡垒，组织移民开垦农田，铺设宽阔的驰道，一看就是要长期驻扎了。
藏巴汗知道明朝这是温水煮青蛙，每进一步都是在挤压自己的战略空间，尤其是那些流官竟然组织农奴打土豪分田地，这无异于要了自己的老命。为此他一面召集大宝法王、阐教王、大慈法王、阐化王到拉萨商议对策，阻挠明朝官员的日常活动；另一方面派出密使前往蒙古草原，准备武力对付明朝在西部的军事力量。
对于藏巴汗的蛊惑，蒙古酋长们也有自己的小算盘，他们纷纷派遣使者到京师，请求跟随汉人迁徙到丝绸之路沿线，意图分享内陆贸易的一杯羹。朱由校从内心是接纳蒙古部落的，有战略眼光的大臣却敏锐的发现这里面存在的巨大隐患，因为西域虽然少数民族政权林立，可东察哈台汗国等有实力的政权都是蒙古人建立的，奥斯曼帝国也是突厥化的蒙古人，还有南面的莫卧儿帝国。
对于如何开拓丝绸之路，朝廷很快分为两派。革新派认为西域与中原王朝的交往由来已久，双方有着很深的文化渊源，应该效仿汉唐在那里设置都护府，一方面可以保证丝绸之路的安全，另一方面也可以强化明朝在当地的统治力。保守派则认为西域深入内陆多是荒寂不毛之地，人口稀少难以管理，境内各部落积怨甚深，朝廷不该去趟浑水。
每当权力的核心层出现分歧时，朱由校的决策水平就显得尤为重要，他认为重开丝绸之路对于中华民族来说是有利的，进入工业化后这些苦寒之地的能源、水资源要比黄金还要珍贵。如果贝加尔湖还在，引其水至西北一带，谁又能保证不会出现第二个北大仓。
为说服众人，朱由校先是命曹化淳和叶向高大量刊印《西域行程记》，作为了解西域列国的第一手资料，然后整理出邓俞、沐英、陈诚、傅安等人的传记，将他们的生平事迹引入教材和考试当中，变相的引导人们将注意力转移到西域。对于朱由校的这个决定，朝野上下很快便出现一边倒的局面，人们基本可以断定天启大帝是想火中取栗，非要做那些宁知不可为而为之的非常事，很快廷议的内容都是围绕如何防范沿途可能遇到的危险，制定有效的民族政策，巩固中央的长期管理等。
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