淘汰老弱兵痞，留下精壮充实军伍，超出七万实兵的部分或给钱粮遣送回乡，或编入屯田队入广西、云南等地屯垦，为军队提供军粮，算是废物利用了，广西、云南现在人烟凋敝，地广人稀，有的是地给他们开垦。
在原本的历史上张献忠在川北被清兵射杀后，孙可望与李定国等率大西军余部南下攻占云贵一带，屯田练兵三年，兵力狂增数倍，这才有了与清兵决战的资本，有了两蹶名王的辉煌。
通过整编，刘泽清、刘良佐、许定国等部直接缩编到了三四千到七八千人不等，每个营头都安插了大量御营老卒充作军官，在平左之战中立下重大功勋的御营军将都得到了提拔。
黄得功和高杰部比较特殊，待遇不但没有降低，反而每年各增饷二十万两，不过有得到也必然将有付出，朝廷向其军派了两个督军使和两个镇抚使，专司负责军纪整顿和后勤转运，及所部千余辅兵，督兵。
其中入了黄得功部的督军使为原长江水师营督军使张家玉、入了高杰部的督军使为原忠武镇督军使陈邦彦，两人的官衔不变，属于平调性质，他们要能力有能力，要魄力有魄力，两镇有他们监督，将极大增强朝廷对这个强藩的控制力，两镇以后再想为所欲为，难矣。
对于其他可以整编的大小藩镇，朝廷就整顿的非常彻底了，所有原镇总兵副将的亲信部属不是被处决就是被调离了，取而代之的是大量御营忠武镇将校。
原忠武镇甲营游击、马雄副手刘承俊升参将，负责统带许定国的四千余部，移镇扬州，归堵胤锡直接辖制。
忠武镇乙营游击、阎应元副手陈明遇升参将，负责统带刘良佐余部六千余人；移镇淮安。
忠武镇乙营游击骑将李三石，功勋着著，连升两级，为副将，负责统带刘泽清余部一万余人。移镇滁州、和州。
而原来驻守在三省枢纽之地——徐州的高杰部则移镇河南归德府。
原来驻守在滁州、和州一带的黄得功部，则移镇徐州。
通过移镇、掺沙子和整编军伍、卡后勤粮饷等等手段，极大的加强了朝廷对江北四镇余部的控制力，并提升了军队的凝聚力。
而且一旦整编成功，朝廷将省下至少一半的军饷和军粮，七万大军的粮饷，军械开销，每年大概需要花费白银一百余万两，粮米七十万石，较原来一百五六十万两白银少了许多。
在江北整编工作进行的如火如荼的时候，朱由桦也在京师对御营进行整编。加上成军不久的两万御营新军，此刻的御营总兵力突破了三万大关！
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