自从欧亲王朱以派出访欧洲列国后，明朝与欧洲的联系日益紧密，不仅互设使馆建立外交关系，还鼓励商业贸易和文化交流。在这种背景下，明朝自上而下的开展了一场西学东渐运动，主动吸收欧洲的自然科学知识，许多士族学者已开始探索真实的物质世界，一件件的揭开自然奥秘的伪装。
这期间，一些欧洲的着作也被翻译过来，比如李之藻的《浑盖通宪图说》、李祖白的《远镜说》、陆仲玉的《日月星晷式》，以及徐光启和意大利耶稣会士利玛窦合着的《几何原本》。
一个国家是否强盛先要看她的军事力量，只有拳头硬说的话才有人听，而军事的强弱依靠科技，科技又依托教育水平，教育的直接体现就是学术着作。这些外来知识中的精华很快便被大明精英掌握，直接推动了明朝在数学、物理、化学、天文等方面的进步，这也是为何李祖白在皇极殿内敢用天体知识来反驳礼部的天谴说。
其实肺鼠疫是一种很常见的传播疾病，但是死亡率超高，曾经蔓延欧洲的黑死病便是其中一种。在利玛窦、汤若望等人的帮助下，一些关于鼠疫的资料开始被整理出来，配合《瘟疫论》的一些治验所得，很快便控制住了甘肃的疫情。这其中空气传播学大师吴有性的功劳最大，朱由校早就想一睹尊容，借故将他召到勤政殿内。君臣二人寒暄过后，吴有性俯身说道：
“启奏圣上，微臣承蒙天家恩惠，虽供职于太医院，但一直可以亲临各地灾区查看疫情。这些年收获颇多，臣推究病源，潜心研究，将所有心血写成《瘟疫论》一书。
微臣愚见，每逢大灾过后必有瘟疫发生，且来势凶猛，容易感染，危害极大。这些瘟疫虽然各不相同，但多是人或动物的尸体腐烂引起，初期通过接触传播，后期则通过空气即可传播，所以微臣斗胆进言，灾区出现疫情应及时焚烧死者的尸体，将病人隔离治疗，防止互相传染。”
古人讲入土为安，下辈子能奔个好前程，吴有性关于火化的见识让朱由校大为吃惊，敬佩之意从心底油然而生，感叹大明精英的聪慧。此时他已发现病菌会通过接触、空气传播，据此提出要预防患者之间的交叉感染，仅此一项便领先西方二百多年。
公元1644年，民族败类吴三桂弃关投敌，多尔衮率八旗劲旅入主中原。吴有性因拒绝臭名昭着的“剃发令”而被清兵残忍杀害，其妻携幼子投河殉情。
为了提拔这位历史上的名人，好让瘟疫学说尽早的造福人类，也让他有个圆满的结局，朱由校决心趁机进行一次医疗改革。先是成立皇家医学院，任命吴有性为第一任院长，由他负责招揽天下名医，汇集中外医学着作进行研究，由传统的“望、闻、问、切”转向注重人体解剖、研究器官机理和消除致病因素等实用医学。
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